Голова расположена на длинной подвижной шее и обычно может втягиваться под панцирь целиком или частично, либо укладываться под панцирем набок. Крыша черепной коробки не имеет височных ям и скуловых дуг, то есть относится к анапсидному типу. Крупные глазницы разделены по средней линии тонкой межглазничной перегородкой. Сзади в крышу черепа вдается ушная вырезка.
В ротовой полости черепахи помещается толстый мясистый язык.
| Расположение щитков на голове сухопутной и морской черепах: 1. Носовой 2. Предлобный 3. Надглазничный 4. Теменной 5. Околоушной 6. Жевательный 7. Межносовой 8. Лобный 9. Синципитальный 10. Межзатылочный 11. Затылочный 12. Тимпанический |  |
| Кости черепа болотной черепахи: А - сбоку, Б - сверху, В - снизу, Г - фрагмент ушной области сбоку; 1 - основная затылочная 2 - основная клиновидная 3 - хоаны 4 - затылочный мыщелок 5 - боковая затылочная 6 - лобная 7 - скуловая 8 - верхнечелюстная 9 - заднеушная 10 - небная 11 - теменная 12 - предлобная 13 - заглазничная 14 - предчелюстная 15 - переднеушная 16 - крыловидная 17 - квадратная 18 - квадратно-скуловая 19 - верхнезатылочная 20 - чешуйчатая |  |
Строение головного мозга и нервной системы черепах
Нервная система черепах типична для всех позвоночных, представлена спинным и головным мозгом, который находится внутри черепной коробки.
Головной мозг черепах развит очень слабо и составляет меньше тысячной доли веса тела. Мозг 40 кг черепахи весит 3 грамма. Спинной же мозг имеет значительную толщину и вес. У черепах 11 пар черепно-мозговых нервов, 12я пара - подъязычные нервы. Головной мозг состоит из переднего, среднего, промежуточного, продолговатого мозга и мозжечка.
Передний мозг представлен большими полушариями с отходящими от него обонятельными долями. Полушария переднего мозга имеют вытянутую форму с более расширенным передним концом. К передним концам полушарий у черепах прилегают обонятельные луковицы. Дно переднего мозга состоит в основном из полосатых тел. Поверхность полушарий гладкая, в мозговом своде различают старую кору (архипаллиум) и зачатки новой коры (неопаллиум). 
Промежуточный мозг спереди прикрыт передним, а сзади средним мозгом. В нем находится теменной орган, который служит регистрирующим рецептором сезонных изменений светового режима. На крыше переднего мозга располагается эпифиз. Теменной глаз и парафиз у черепах отсутствуют. Уплотненный и прозрачный передний отдел теменного органа напоминает хрусталик глаза, а его бокаловидная часть снабжена пигментными и чувствующими клетками. На нижней стороне промежуточного мозга имеется воронка, к которой прилегает гипофиз и зрительные нервы, образующие перекрест – хиазму.
В состав среднего мозга входят две зрительные доли. Доли относительно невелики и почти полностью открыты. Средний мозг частично прикрыт полушариями.
Мозжечок развивается в виде полукруглой складки (имеет форму вертикальной пластинки с сильно утолщенной верхней частью), которая прикрывает переднюю часть продолговатого мозга. Мозжечок у рептилий крупный, что отвечает за хорошую координацию движений.
Продолговатый мозг отвечает за безусловно-рефлекторною двигательную активность и основные вегетативные функции - дыхание, кровообращение, пищеварение и др. Он является продолжением спинного мозга. Продолговатый мозг изогнут в вертикальной плоскости, является продолжением спинного мозга. У черепах узкий продолговатый мозг узкий, но ромбовидная ямка, которая является полостью четвертого желудочка, довольно широкая.
Спинной мозг имеет типичное строение: серое вещество (тела нейронов) располагается в центральной части и имеет форму бабочки, белое вещество (отростки нейронов) располагается вокруг серого.
